Софья Дмитриевна Пугачева, урождённая Недюжева, родилась в 1742 году в станице Есауловской. О ранних годах ее жизни известно мало. Отец, простой казак, умер рано, оставив на руках жены Софью и еще троих детей. Семья бедствовала, поэтому, как только Софье исполнилось 18, ее отдали за молодого казака станицы Зимовейской Емельяна Пугачёва. Начало семейной жизни вышло недолгим. Уже через неделю Емельян был включен в отряд полковника Денисова и отправился на войну с Пруссией. Обратно он вернулся только в сентябре 1762 года. Жизнь семьи на несколько лет вернулась в привычное для того времени русло. Емельян нес службу в станице, Софья хлопотала по хозяйству, рожала и воспитывала детей. Из шести младенцев выжили только трое – первенец Трофим, старшая дочь Аграфена и младшая – Христина.
В 1769 году Емельяна снова отправляют на войну – на этот раз с Турцией. Вернулся он только через два года, вместе с отрядом для пополнения конного состава. Пугачёв страдал от язв на ногах и груди, вызванных плохим питанием и общей антисанитарией в походе. Позже он будет выдавать шрамы от гнойников на груди за «царские знаки». Чуть оправившись от болезни, Пугачёв начал хлопотать об отставке. Однако в Черкасске не поверили в его хвори и предложили пройти осмотр в лазарете. Пугачёв почел за лучшее вернуться домой. Там он загорелся новой идеей – бежать от постылой службы на Терек. Ему удалось подбить на свою затею еще нескольких казаков, включая мужа сестры Симона Павлова. Однако заговор раскрылся, Емельян был вынужден пуститься в бега. Полгода он скрывался в окрестностях станицы, а зимой тихонько перебрался обратно домой, справедливо полагая, что поиски уже улеглись.


После Рождества он приказал Софье собрать ему еду в дорогу и отправился на Терек один. Там он был арестован, бежал и через год вернулся домой. По его рассказам, тёрские казаки его хорошо приняли и даже назначили атаманом. Но Софья уже ничему не верила. Весной 1772 года Пугачёва вновь арестовали, он снова бежал из-под стражи, но в станицу уже не вернулся. Из-за его бесконечных авантюр Софья с детьми дошли до разорения. После последнего побега мужа она продала дом и перебралась к матери. Денег от продажи дома хватило ненадолго, семья голодала, Софья ходила по соседям с протянутой рукой. Осенью 1773 года до станицы дошли слухи, что Емельян Пугачёв встал во главе восставших яицких казаков и объявил себя императором Петром III. К нищете добавились насмешки и неприязнь со стороны односельчан.
В январе 1774 года в станицу пришел приказ императрицы Екатерины II – в связи с распространением бунта арестовать семью Пугачева, а дом его сжечь и то место огородить «…во оставление на вечные времена без населения яко оскверненное жительством на нем все казни лютые истязания делами своими превзошедшего». И за семьей и, как ни странно, за домом пришлось побегать. Покупатель, отставной казак Еремей Евсеев, разобрал дом Пугачёвых и перевез к себе в станицу Есауловскую. Уполномоченным коменданта, секунд-майору Рукину и казачьему старшине Туроверову, во исполнение императорского приказа пришлось по-новой разбирать дом, везти в Зимовейскую, собрать там и уже наконец-то сжечь. Пепел, как и намеревались, развеяли, а пожарище окопали рвом. Софью с детьми под конвоем отправили в Казань. Впрочем, там им особых притеснений чинить не стали. Семья жила на казенной квартире, снабжалась всем необходимым, но Софья по приказу коменданта была обязана каждый день ходить по городу и торговым рядам, и рассказывать всем о том, кто она и кто ее муж.


Однако в июле к Казани подошло войско бунтовщиков и семью Пугачева срочно перевели в тюрьму. Во время штурма города начался сильный пожар, арестанты начали задыхаться от дыма. Кто-то из караульных открыл запоры, толпа хлынула наружу. Часть арестантов отправилась в лагерь Пугачева на Арском поле, Софья с детьми затесалась среди них. Там 11-летный Трофим увидел своего отца и с радостным криком кинулся к нему. Пугачев был в смущении. Конечно, самозванец не мог признать в простой казачке свою жену. Но он распорядился подобрать свою семью и поселить недалеко от «царского» шатра. Своим соратникам он объяснил, что это семья его верного друга Емельяна Пугачева, героически принявшего смерть «за верность своему государю».
Только через месяц Емельян позвал жену к себе в шатер. Там она обнаружила целый гарем из молодых крестьянских девушек, которые с радостью служили «государю-батюшке» всем, чем могли. Не зная, кто такая Софья, кое-кто наложниц «с весёлым лицом, что она сие за честь себе ставила» по-женски делились с ней интимными подробностями царского ложа. Наконец, Софью и Емельяна оставили одних. Воссоединение семьи трудно было назвать радостным. Измученная авантюрами мужа Софья осыпала его упреками и бранью, в которых выражение «неверный супостат» было самым ласковым. Емельян стерпел, однако под страхом смерти приказал жене обо всём молчать и больше никогда не называть его мужем. Софья, насмотревшись на жестокие казни дворян и чиновников не сомневалась в реальности угрозы. Некоторые из соратников Пугачева, посвященные в тайну, предлагали ему устранить хотя бы жену, как опасного свидетеля. Однако движимый стыдом или еще по каким причинам, Емельян отказался. С тех пор он с женой не виделся, хотя часто звал к себе детей, играл с ними и баловал. Софья ехала в обозе армии бунтовщиков, вместе со второй женой Пугачева, Устиньей Кузнецовой. Как ни странно, женщины сдружились. 17-летняя Устинья годилась Софье в дочери и тоже была не рада своему положению. Иронично, что Пугачев сделал двоеженцами обе своих ипостаси – ведь «воскресшего» Петра III с Екатериной II никто официально не разводил.


В конце августа пугачевское войско было окончательно разгромлено в сражении у Черного Яра. Сам Емельян Пугачев с семьёй и горсткой ближайших соратников бежал к яицким хуторам в надежде заново разжечь пламя бунта. Однако вчерашние союзники решили не рисковать и заслужить прощение властей, выдав мятежного «императора». На глазах у жены и сына яицкие полковники накинулись и связали Пугачева, после чего вместе с семьёй передали правительственным войскам. В цепях, под усиленным конвоем, самого опасного бунтовщика 18-го века отправили в Москву.
В Москве семью разделили и больше Емельян никогда свою семью не увидит. Его, как предводителя восстания, ждали допросы и казнь. Софью Пугачеву, а также вторую жену Пугачева Устинью суд признал невиновными в преступлениях мужа, однако постановил «без наказания отдалить их, куда благоволит Правительствующий Сенат». В итоге обеих жён и детей было приказано содержать в крепости Кексгольма (сейчас – Приозерск, крепость Корела), фактически на положении заключённых. Пугачевых разместили в Круглой башне крепости под охраной. Им было запрещено выходить за стены, а также называться прежней фамилией, которая по приговору суда была предана «вечному забвению и глубокому молчанию». С момента поселения членов семьи Пугачёва в крепости, в Петербург ежемесячно направлялись донесения, не отличавшиеся, впрочем, особой разнообразностью. Комендант лишь отчитывался, что узники «ведут себя исправно».


После восшествия на престол Павла I в крепость с инспекцией прибыл обер-секретарь Тайной Канцелярии, который после доложил императору, что «в Кексгольмской крепости Софья и Устинья, жёнки бывшего самозванца Емельяна Пугачёва, две дочери девки Аграфена и Христина от первой и сын Трофим… содержатся в замке в особливом покое. Содержание имеют от казны по 15 копеек в день. Живут порядочно. Имеют свободу ходить в крепости, но из оной не выпускаются. Читать и писать не умеют». Широкая амнистия, которую император Павел объявил многим из осужденных его матерью, семью Пугачева не затронула.
В 1797 году на должность коменданта крепости заступил полковник граф де Мендоза Ботелло, обнаруживший, что живут Пугачевы далеко не «порядочно». Содержались они в неустроенных и холодных помещениях, питались дурно, а самое главное – дочь Пугачева Аграфена многократно подвергалась насилию от прошлого коменданта полковника Гофмана и имеет от него двухмесячного сына. Внук самозванца, нареченный Андреем, прожил всего три месяца, дело в итоге замяли во избежание огласки.
Лишь в 1803 году, в правление Александра I, семье Пугачевых, наконец, разрешили покинуть крепость и поселиться в городе. Дата смерти Софьи Пугачевой неизвестна, вероятно, она скончалась вскоре после выхода на свободу, проведя в застенках почти половину жизни. В 1809 году умерла Устинья Кузнецова, которую Пугачев обещал сделать новой императрицей российской. Сын Трофим построил в городском посаде Кексгольма дом, где и доживал свой век вместе с сестрами, под чисто символическим надзором полиции. Сам Трофим умер в начале 1819 года. В 1826 году дочерей Пугачева еще застали в живых сосланные в Кексгольм декабристы Барятинский, Свиридов и Горбачевский. В том же году скончалась Христина, а еще через семь лет ушла из жизни последняя из рода Пугачевых – Аграфена.
По иронии судьбы, именно в это время Александр Сергеевич Пушкин обратился к императору Николаю I за разрешением на поездку в места восстания, чтобы собрать материал для «романа о временах пугачевщины», который в 1836 году будет опубликован под названием «Капитанская дочка».