Атолл Альдабра полностью окружен коралловым рифом, разрезанным тремя проходами; два более глубоких делят атолл на четыре крупных острова, окружающих большую мелкую, заросшую по краям манграми лагуну площадью 150 кв.км., которая, в свою очередь, содержит несколько островков. Самый большой из островов - Южный; вместе с Западным островом, Средним островом и Иль Полимник они составляют около 186 кв.км. суши.
Большинство тропических островов веками интенсивно использовались человеком, но атолл Альдабра считался негостеприимным, и моряки в старину его обходили; таким образом ему удалось избежать бессмысленного разрушения, которому подверглись .многие другие уединенные островные группы. Его не коснулись традиционный сбор гуано, культивирование кокосов или разрушение природной среды, связанное с современным туризмом. Но полностью избежать внимания человека атоллу Альдабра не удалось, и в течение последних 100 лет он был базой заготовителей мангровой древесины, рыбаков и ловцов черепах. Как всегда, с человеком пришли домашние животные, но это вторжение ограничилось Южным и Западным островами. Правительство Сейшельских островов объявило весь этот район строгим резерватом; кроме того, он является Международной охранной зоной.
Как и для всех изолированных групп океанических остров, для Альдабры характерен высокий процент эндемичных видов. Но еще важнее, вероятно, что в мире, где так мало осталось по-настоящему естественного, атолл Альдабра очень близок к этому состоянию.
Здесь господствуют два основных типа местности. Один встречается исключительно в восточной части Южного острова: это редкий кустарник, деревья со скудной растительностью под ними и купы пальм вокруг более крупных пресных озерец. Остальное пространство занято почти непроходимыми зарослями колючего кустарника и высокой сухой травы.
Сравнительная близость Альдабры как к африканскому континенту, так и к Мадагаскару позводила перебраться на эти океанические острова большему числу видов, чем можно было ожидать. Альдабра обладает удивительно богатой флорой, с 273 видами цветущих растений и папоротников, 19 из которых являются эндемичными. Удивительно богато представлены здесь насекомые: зарегистрировано более 1000 видов, в том числе 127 видов бабочек и мотыльков, 36 из которых живут только здесь. Расширяют перечень эндемичные виды наземных улиток и ракообразных, а также сейшельская летучая собака, альдабрская гигантская черепаха и пресноводная рыба, обитающая исключительно в дождевой воде.
Благодаря его изолированности атолл облюбовало для гнездования множество морских птиц.
Это основное гнездовье в западном Индийском океане для малого и большого фрегатов, кроме того здесь обитают краснохвостые и белохвостые фаэтоны, красноногие олуши, белые крачки.
К наиболее замечательным видам птиц Аль-дабры относятся, в частности, альдабрская славка и белозобый пастушок. Альдабрская славка была открыта в 1968 году, и считается, что ареал ее обитания ограничен крохотным участком прибрежного скрэба. Понаблюдать за ней удавалось считанные разы, и она, безусловно, одна из редчайших птиц в мире. Белозобый пастушок тоже эндемичен для Альдабры; это единственный сохранившийся представитель группы нелетающих птиц, включавшей вымершего дронта.