С помощью меток, оставленных случайными мутациями на Y-хромосоме, вы можете проследить свою родословную по мужской линии вплоть до Адама. Правда, не библейского...
Вопрос «откуда есть пошла?..» для целых племен и народов до недавнего времени решался с помощью данных истории, археологии, лингвистики и других не очень точных наук. Определить свою личную родословную любой человек мог с помощью архивов ЗАГСов, ревизских сказок, церковноприходских книг — на три, пять, хорошо если на 10−15 поколений.
Сейчас любой из нас может определить свою родословную до прародителей человечества. Правда, не библейских, а молекулярно-генетических — «митохондриальной Евы» и «Y-хромосомного Адама». К ним, жившим в Юго-Восточной Африке (по самым общепринятым из условных и приблизительных оценок — 150−170 или 60−80 тысяч лет назад), сходятся ветви генеалогического древа каждого из живущих на Земле 6,6 млрд человек. За прошедшие века в нашей ДНК, как визы в паспорте, добавились пометки о путях, по которым потомки Адама разбрелись по миру.Какой народ каким путем добрался до нынешнего места жительства за тысячелетия великих и незаметных переселений, завоеваний, объединений и смешений? Как носило по свету лично ваших предков с тех пор, как они покинули колыбель народов — Африку? И от какой из групп этих переселенцев вы происходите — отдельно по отцовской и материнской линии? Сколько поколений назад жил ближайший предок, от которого по прямой линии произошли лично вы и кто-нибудь из ныне царствующих особ? На все эти вопросы может ответить анализ ДНК.

Ключи от генеалогического древа

ДНК представляет собой последовательность нуклеотидов, которые обозначаются буквами G (гуанин), T (тимин), A (аденин) и C (цитозин). Например, фрагмент ДНК может быть вот таким: ...GTACAAGAG(TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA)CTGGTG…
Или вот таким:
...GTACAAGAG(TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA)CTGGTG…
Обратите внимание на повторяющуюся комбинацию. Это и есть STR (short tandem repeat). Время от времени в «мусорной» части ДНК встречаются вот такие бессмысленные повторения трех-четырех нуклеотидов, в данном случае TAGA (тимин-аденин-гуанин-аденин). Это первый из наиболее часто используемых маркеров Y-хромосомы, DYS19 (DNA Y-chromosome Segment № 19), и приведенные для примера сочетания обозначаются как DYS19=14 и DYS19=15.
Теперь давайте посмотрим на другую последовательность:
...GTACTAGAG(TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA)CTGGTG…
Это очень похоже на первую последовательность, но в пятом нуклеотиде произошла замена аденина на тимин. Это и есть SNP — одиночный нуклеотидный полиморфизм (single nucleotide polymorphism, «снип») Y-хромосомы. Ключевые «снипы» однозначно определяют гаплогруппу человека, то есть «ветвь» на дереве миграций человечества. Набор STR-маркеров Y-хромосомы определяет гаплотип человека. При сравнении гаплотипов двух человек можно (при совпадении гаплогруппы) приблизительно определить количество поколений до ближайшего общего предка по мужской линии.

Генографический проект

Изучать этногеномику начали в 1980-х годах, когда компьютеры еще не обладали таким быстродействием, а методы анализа ДНК были на несколько порядков медленнее и дороже нынешних. Сейчас самый простой, но достаточно полный анализ индивидуальной молекулярной генеалогии, по 12 маркерам Y-хромосомы, стоит $100−150, а более чем достаточный, по 37 маркерам Y-ДНК + полный тест митохондриальной ДНК, — около $400. Базы данных на десятки тысяч образцов ДНК есть у ряда коммерческих фирм и общественных институтов, и большинство из них (с определенными ограничениями на допуск к персональной информации) открыты для всех. За счет интереса людей к своим индивидуальным родословным информация в этих базах накапливается быстрее, чем ученые успевают ее обработать.
Самое грандиозное из исследований целых популяций — Genographic Project («Генографический проект»), начатый в 2005 году Национальным географическим обществом США (National Geographic Society) при поддержке компании IBM. Цель проекта — за пять лет собрать не менее 100 000 образцов ДНК типичных представителей народов или племен, история которых известна по данным этнографии, истории и археологии, чтобы уточнить пути миграций человечества по Земле. На самом деле и такая огромная выборка — капля в море по сравнению с реальным разнообразием рас и племен, но по мере добавления информации результаты можно будет уточнять. Даже черновой план, составленный участниками проекта под руководством доктора Спенсера Уэллса, — захватывающее зрелище, особенно в виде интерактивной карты на сайте проекта. Но для начала разберемся с терминами.


Молекулярная генеалогия

При образовании половых клеток из диплоидных клеток-предшественников их соматические хромосомы (а у женщин — и половые) обмениваются участками — примерно так, как происходит, если не слишком тщательно перетасовать две колоды карт с рубашками разного цвета и снова разложить их на два одинаковых набора независимо от цвета рубашек. По четверти генома мы получаем от каждого из двух дедушек и двух бабушек, 1/8 — от прадедов и прабабок... В наших хромосомах есть гены не только Адама и Евы, но и всех их близких и дальних родственников, живших 70−80 тысяч лет назад, когда численность нашего вида снизилась до критической величины — примерно 10 000 особей, и более далеких предков, вплоть до первых млекопитающих и даже первых многоклеточных животных. Но от них мы получили только соматические и X-хромосомы, гены которых в результате постоянного перемешивания расплываются по всей популяции. Почти неизменными из поколения в поколение переходят только Y-хромосома и митохондриальная ДНК. На этом «почти» и основана вся молекулярная генеалогия, изучающая историю по мутациям, произошедшим у предков и сохранившимся в ДНК потомков.

"Подгруппа R1a (M17) зародилась в степях на территории нынешней Украины и юга России 10-15 тысяч лет назад. Племена известной по археологическим данным курганной культуры одними из первых приручили лошадь и за счет этого расселились чуть ли не по всему континенту, покорили туземцев, перемешались с ними и навязали им свой язык и религию, ставшие основой протоиндоевропейской (индоарийской) культуры. К прямым потомкам индоариев относятся 45 % мужчин в высших кастах Индии, 40 % поляков, северных русских, украинцев, белорусов, латышей и литовцев. Немного реже — южные и западные славяне, исландцы (Рюрик тоже был викингом), восточные немцы и народы России, язык которых относится к финно-угорской группе (тысячелетия соседства давно перемешали «русь, мордву и чудь»). Несмотря на все смешения племен, носители подгруппы R1a в южнорусских городах составляют 55 % мужского населения, а в центральной России — до 70 %. Но если кто-нибудь решит на основании принадлежности к этой подгруппе гордиться своей арийской кровью, напоминаем: ваши родственники живут и в пустыне Калахари, и далее по глобусу до Гренландии, Австралии и Огненной Земли. Кстати, среди казахов — во всем остальном типичных монголоидов — носителей подгруппы R1a не меньше, чем в России. Да, скифы мы..."

Мутации: полезные, вредные и нейтральные

Обычно крупные мутации — например, перемещение на другое место, удвоение или, наоборот, выпадение крупного участка хромосомы, несущего один или несколько генов, — не приводят ни к чему хорошему. Как, впрочем, и часто встречающиеся одиночные нуклеотидные полиморфизмы — SNP (см. врезку), если они происходят в пределах одного из 21 000 человеческих генов.


Полезные мутации происходят намного реже и сохраняются в последующих поколениях. Вредные — удаляются из популяции вместе с носителем или еще на стадии эмбриона, или, при тяжелой наследственной болезни, до того, как этот носитель успеет обзавестись потомством. В результате действия стабилизирующего отбора и происходивших время от времени снижений численности вида, уменьшающих его генетическое разнообразие, строение генов у двух выбранных наугад людей совпадает на 99,9%. Все наши отличия, от цвета кожи и разреза глаз до роста и склонности к определенным болезням, определяют в основном генные полиморфизмы — незначительные различия в нуклеотидных последовательностях практически одинаковых генов и, соответственно, в строении и функциях закодированных в этих генах белков.


Во-первых, случайные мутации происходят постоянно, и полиморфизмами считают те из них, которые произошли давно и поэтому встречаются чаще, чем у 1% людей в данной популяции (граница здесь условная — можно было бы считать случайными и варианты генов, встречающиеся реже, чем у 2−3%). Во-вторых, полиморфизмы не оказывают заметного влияния на здоровье их носителей или даже носят приспособительный характер. Правда, и здесь граница довольно размытая. Классический пример — SNP, обусловливающий у гомозигот — носителей двух мутантных генов — тяжелое наследственное заболевание, серповидноклеточную анемию. Но гетерозиготы по этому гену — носители здорового варианта на одной хромосоме и «испорченного» на другой — реже болеют малярией, а симптомы анемии испытывают только в экстремальных условиях, например в высокогорье. Эта мутация встречается на юге Индии, в Средиземноморье и у жителей Западной Африки и их потомков на других континентах.
При копировании хромосом «снипы» происходят с вероятностью 10−8 на один нуклеотид за поколение. При размере гаплоидного генома в 3 млрд (3х109) нуклеотидов за счет случайных точечных мутаций каждый ребенок имеет в среднем около 30 однонуклеотидных различий со своими родителями. По счастью, большинство таких мутаций приходится не на гены, а на так называемую мусорную ДНК — примерно 95% человеческого генома, не кодирующих ни белков, ни служебных РНК. Эти мутации ни на что не влияют, отбору они безразличны — вот они и сохраняются среди остального генетического «хлама». Именно их, а также короткие тандемные повторы (см. врезку), и используют в молекулярной генеалогии в качестве хромосомных маркеров — характерных особенностей.

Мальчики и девочки

Начнем с Адама: с мужской молекулярной генеалогией разобраться проще (впрочем, все сказанное ниже о своем происхождении по мужской линии могут узнать и дамы — для этого нужно проанализировать ДНК отца, или брата, или дяди — любого прямого родственника по отцу).


Примерно 300 млн лет назад у первых млекопитающих одна из хромосом, несущая среди прочих несколько генов, определяющих принадлежность к мужскому полу, начала терять остальные гены и вместе с ними — способность обмениваться участками ДНК с парной хромосомой. У человека на Y-хромосоме осталось всего 27 генов, большинство из них работают в семенниках. Остальная часть Y-хромосомной ДНК может пригодиться разве что для этнографии и генеалогии. Мутации — выпадения, замены или добавления одиночных нуклеотидов (SNP) и изменения числа повторений трех-четырех одинаковых нуклеотидов (STR) — происходят в разных участках Y-хромосомы с разной частотой, в среднем — одна мутация на каждые 500 поколений. В самых консервативных участках мутации случаются раз в 100 000 лет.
Y-хромосомный Адам жил примерно 80 000 лет назад, но «раз в 100 000 лет» — это вероятность мутации в этом участке хромосомы в непрерывном ряду поколений, и можно подсчитать, что даже такой редкий случай может произойти один раз в поколение примерно у одной из 3000 пар «отец-сын». Время и место жизни нашего общего прямого предка вычислили по анализу распределения в популяциях из разных регионов планеты Y-хромосомных маркеров. Их используют и для исследований в области этногеномики, и для выяснения индивидуальных генеалогий.

История и география

У населения старинных русских городов чаще всего встречаются гаплогруппы R1a, I1b и N. Очень условно их носителей можно назвать соответственно потомками восточных, южных и северных славян. На самом деле мутация, определяющая принадлежность к ветви R, предположительно появилась на северо-западе Азии 30−35 тысяч лет назад: в племени, все мужчины которого (или большинство из них) относились к более ранней гаплогруппе P, родился мальчик, в Y-хромосоме которого произошел сбой — замена всего одного нуклеотида, аденина на гуанин. Его потомки расселились по Европе и западной части Азии, по дороге смешиваясь с местными племенами, но у всех его прямых наследников сохранилась эта метка — маркер M207. Ее нашли и у мужчин одного из изолированных племен Камеруна — скорее всего, это потомки части доисторического племени, которая вернулась из Евразии в Африку.


У кого-то из пра-пра...правнуков родоначальника гаплогруппы R, двигавшихся понемногу на юг, 25 000 лет назад произошла еще одна мутация, M127. Ее носители, представители гаплогруппы R2, составляют 5−10% населения юга Центральной Азии, Пакистана и северной Индии. Еще одна ветвь этой группы повернула на запад, на земли, с которых сползал последний ледник. Подгруппа R1, у которой к предыдущим меткам на Y-хромосоме приблизительно 30 000 лет назад добавилась мутация M173, — самая распространенная в Европе и западной Евразии.
Этногеномика имеет дело с вероятностями мутаций, полученными путем приблизительных подсчетов, выборками из популяций и другими среднестатистическими величинами. Даже число тысячелетий в расчетах зависит от того, какое время смены поколений, от 20 до 35 лет, выберут авторы работы. Максимальное приближение во времени, которое показывает гаплогруппа даже с самым длинным буквенно-цифровым индексом, — это вероятность появления одного SNP, в лучшем случае 5000 лет, так что деталей индивидуальной генеалогии по ней не определить. Можно разве что спорить, родственниками в двухсотом или трехсотом колене приходятся друг другу больше трети жителей северной Индии, почти половина русских и почти треть норвежцев.

Генеалогия

А можно ли построить генеалогическое древо человека с более высокой точностью? Можно, но SNP для этого не подходят. Для детальных исследований в молекулярной генеалогии применяют короткие тандемные повторы — STR (см. врезку). При образовании сперматозоидов ферменты, копирующие ДНК клетки-предшественника, иногда пропускают или добавляют к такому тандему один из повторов. Если этот сперматозоид примет участие в рождении мальчика, все его сыновья, внуки и правнуки сохранят новую запись в этом маркере до тех пор, пока прямой род по мужской линии не оборвется — или до следующей мутации в том же STR. Повторная мутация может увеличить разницу в большую или меньшую сторону, сделав различия между ветвями древа более четкими, а может и восстановить исходное состояние. Но при использовании большого числа маркеров степень родства можно установить достаточно точно.


У всех мужчин на Земле в локусах DYS19, 388, 390, 391, 392 и 393 есть тандемные повторы разной длины. Например, квадруплет TAGA (DYS19) может повторяться от 10 до 19 раз, триплет АТА (DYS388) — 10−16 раз и т. д. У 98% мужчин к базовому набору из шести общих маркеров, унаследованных от хромосомного Адама, добавился DYS385 — от 7 до 28 повторов «GAAA». У 34% есть еще DYS438 и 439 и т. д. В качестве генеалогических маркеров выбраны самые информативные из почти пятисот обнаруженных на Y-хромосоме STR. Стандартные ДНК-генеалогические тесты проводят по 12, 25, 37 или 67 маркерам, хотя уже шести часто достаточно для того, чтобы по комбинации числа повторов отнести «владельца» этого гаплотипа (индивидуального набора маркеров) к одной из гаплогрупп, от A до R. Например, так называемый «атлантический модальный гаплотип», наиболее распространенный на западе Европы, выглядит так: DYS19=14, DYS388=12, DYS390=24, DYS39=11, DYS392=13, DYS393=13. Человек с таким гаплотипом практически со стопроцентной вероятностью относится к гаплогруппе R1b или ее подвариантам.


Чем меньше расхождений в числе повторов нуклеотидных групп во всех проанализированных DYSах между двумя гаплотипами, тем больше вероятность того, что их носители — родственники. В тесте по 37 маркерам вероятность случайного совпадения всех из них — 1/637, 1 шанс из 6х1028 (население Земли, напомним, 6,6х109). Даже по 12 маркерам вероятность случайного совпадения — 1 шанс из двух с лишним миллиардов, и при полном совпадении чьих-нибудь DYS с вашим гаплотипом (и совпадении гаплогруппы) можно быть уверенным, что вы нашли брата, отца, дядю или «многоюродного» (но не более чем в десятом — пятнадцатом колене) родственника по прямой мужской линии.
А что может быть в случае, если в такой базе вы найдете последовательность чисел, отличающуюся от вашей на 1, 2 или 5 единиц? Можно прикинуть, сколько поколений назад жил ваш ближайший общий предок. Расхождение на один повтор в любом из маркеров происходит в среднем один раз в 500 поколений, примерно раз в 15 000 лет. В гаплотипе из 37 маркеров одна мутация может произойти примерно раз в 13 поколений, или в 300−400 лет. Хотя средние частоты мутаций в различных DYS отличаются, они известны, так что можно еще немного уточнить возможное время расхождения. Правда, все равно это будет всего лишь вероятность, но дальше уже можно будет покопаться в бумажных данных, от семейных архивов до летописей. И в любом случае вы узнаете много интересного, особенно если к информации об Y-хромосоме добавить анализ митохондриальной ДНК. Но о родстве по материнской линии мы расскажем позже...Автор: Благодарим Анатолия Клёсова за помощь в написании статьи. Материал подготовлен при содействии журнала National Geographic Россия
Источник: Популярная механика