В начале XII века до н. э. Хаттуса была разрушена и после этого больше не восстанавливалась. Согласно археологическим исследованиям, были разгромлены и сожжены цитадель Хаттусы, её дворцы и храмы, после чего город и вся область хеттского расселения в долине реки Галис пришли в запустение. Согласно надписи фараона Рамсеса III из Мединет-Абу, на восьмом году его правления, Хаттуса была захвачена и разрушена «народами моря» («северными чужеземьями»), под которыми подразумевались, судя по всему, пришедшие с северо-запада восточные мушки...

По мнению немецкого археолога Ю. Зееэра, проводившего раскопки в Хаттусе, к моменту разрушения хеттская столица была уже пуста. Вероятно, жители Хаттусы предварительно организованно покинули город, поскольку в городских зданиях, включая храмы и жилые дома, не было обнаружено повседневных вещей, которые неизбежно остались бы в случае, если бы Хаттуса была населена в момент захвата. Единственно, что было обнаружено при раскопках, это клинописные таблички, глиняные печати и большие пифосы со складов «Большого храма». Согласно теории Зееэра, в самом конце своего правления царь Суппилулиума II эвакуировал из Хаттусы двор, армию и ремесленников вместе со всем имуществом, в результате чего город обезлюдел и утратил свой столичный статус, а затем был сожжён и разрушен захватчиками.