Бескрайние влажные тропические леса покрывали когда-то большую часть этого протянувшегося на 1609 км. острова, но за последние 40 лет лес полностью извели на дрова и для нужд сельского хозяйства, поддерживающего постоянно растущее население. Несмотря на это Мадагаскар все еще остается островом потрясающего биологического разнообразия. Когда остров откололся от Африки, а это было, как минимум, 165 миллионов лет назад, создались условия для эволюции животных и растений без влияния извне: Мадагаскар практически превратился в грандиозную лабораторию, и встречающиеся здесь растения и животные часто непохожи ни на какие в мире. Около 10000 растений встречаются только на Мадагаскаре, как и половина из всех живущих в мире хамелеонов. Один из видов хамелеона - брукезия - настолько мал, что может без труда уместиться на кончике большою пальца, однако жители Мадагаскара избегают его, так как верят, что он приносит несчастье. Уникальны для острова и такие рептилии, как лучистая и клювогрудая черепахи.
На западе острова расположен негостеприимный заповедник Цинжи-дю-Бемараха, где острые, 30-метровые иглы известняка вонзаются в небо на территории в 155 кв.км. Местные люди говорят, что во всей этой области едва ли найдешь кусок ровной земли, достаточно большой, чтобы поставить на него ногу, - фактор, помогающий спасти хотя бы часть растений и животных Мадагаскара от уничтожения.
К югу от Цинжи находится Морондава, где дожди идут всего четыре месяца в году. В этих уникальных условиях растет шесть видов баобаба, то есть на пять больше, чем сохранилось до наших дней на африканском материке. Деревья приспособились к климату Мадагаскара: они накапливают воду во время сезона дождей и потом живут этим запасом восемь месяцев до новых дождей. Как и другие области Мадагаскара, леса баобабов подвергаются постоянной угрозе из-за экспансии человека, но их особенно трудно восстанавливать, когда ущерб уже нанесен. Деревья живут сотни лет и не плодоносят каждый год, к тому же длительная засуха может погубить все проростки. Животные тоже создают проблемы: так, большеногие мыши, обитающие лишь на очень небольшой территории в западном Мадагаскаре, питаются проростками баобабов. Защитники природы сталкиваются здесь со сложной стратегической проблемой, разрываясь между стремлением восстановить леса баобабов, чтобы обеспечить выживание других видов животных, и охраной большеногой мыши.
На юге острова расположен небольшой заповедник Беренти. Одни из самых крупных в мире крыланов носятся над гигантскими тамариндами, в чьих ветвях они живут, и эта колония, насчитывающая несколько тысяч животных, считается одной из самых крупных среди обосновавшихся так близко от человеческого жилья. Столь же многочисленны в Беренти кошачие лемуры, которые самоуверенно прохаживаются перед посетителями, поглядывая на них своими странными оранжевыми глазами.
Значительная часть из тысячи уникальных мадагаскарских видов орхидей растет в Национальном парке Монтань д'Ам6р, на северной оконечности острова, однако не весь Мадагаскар покрыт сочной зеленью: рубка, а кое-где и выжигание леса не прошли бесследно. Когда земля лишается своего естественного растительного покрова, нечему удержать плодородный слой почвы, который с каждым годом все больше вымывается дождями.